Potensi perikanan di Kabupaten Cilacap tergolong besar, hal ini dapat dibuktikan dengan data dari Dinas Perikanan dan Kelautan Cilacap. Potensi perikanan ini dapat dibedakan menjadi potensi perikanan darat dan perikanan laut.Usaha perikanan tambak umumnya dilakukan masyarakat Cilacap dengan memelihara ikan emas,munjair, guramih.
Sedangkan usaha perikanan laut umumnya dilakukan oleh masyarakat bagian selatan atau dekat dengan pesisir / tepi pantai. Pada awalnya masih menggunakan alat-alat tangkap yang sederhana/tradisional kemudian dalam perkembangannya alat-alat yang digunakan untuk menangkap ikan laut sudah menggunakan alat-alat yang modern, sehingga hasil yang diperoleh lebih baik dari sebelumnya, untuk memperlancar penangkapan ikan ini telah dibangun beberapa Tempat Pelelangan Ikan sebagai tempat memasarkan hasil tangkapan nelayan Cilacap.
Potensi perikanan darat di Kabupaten Cilacap terdiri dari perikanan tambak sekitar 819,70 Ha, perikanan kolam seluas 573,96, perairan umum seluas 598,6 Ha dan mina padi seluas 60,72 Ha, dengan tingkat pemanfaat 30-40 persen (Laporan Tahunan Dinas Perikanan dan Kelautan Cilacap, 2002). Sedangkan untuk potensi perairan laut Kabupaten Cilacap yang meliputi wilayah teritorial dan Zone Ekonomi Eksklusif Indonesia (ZEEI), oleh karena itu potensi perikanan laut di Kabupaten Cilacap cukup besar mencapai 865.100 ton yang dibedakan berdasarkan jenisnya meliputi:
Ikan Pelagis yang meliputi ikan layaran, kakap, layur, tuna, meka, tongkol, tengiri dan lain-lain sebesar 275.600 ton.
Ikan Pelagis Kecil meliputi teri, tiga waja, jabrik, gerok, gogokan dan dawah mencapai 428.700 ton
Ikan Demarsal untuk ikan jenis ini meliputi ikan cucut, pari, bawal, tuna, bokor mencapai 134.100 ton.
Udang, meliputi ada bermacam-macam udang yang terdapat di perairan Cilacap antara lain, udang dogol, jerbung, krosok, lobster, rebon, dan tiger mencapai 12.500 ton.
Cumi-cumi mencapai 3.200 ton
Data tercatat tentang Perikanan Laut :
Luas sebaran penangkapan 5.200 km2
Jumlah Nelayan Laut 33.000 orang
Armada Penangkapan 4.538 buah
Terdiri dari :
Perahu tanpa motor 649 buah
Mator Tempel 1.139 buah
Kapal Motor 2.639 buah
Kapal Long Line 115 buah
Jumlah alat penangkapan 107.523 unit
SARANA PENDUKUNG :
Pelabuhan Perikanan Samudra Cilacap dengan kapasitas 250 kapal
Dermaga 7 unit
TPI Propinsi / Kabupaten 11 buah
Depot BBM 2 buah
Galangan Kapal 4 buah
Pabrik es kapasitas 236 ton 5 unit
Cold storage kapasitas 75 ton 3 unit
Sistem penangkapan ikan oleh nelayan Cilacap belum ada yang mencapai lepas panti ZEEI. Oleh karena itu, dibutuhkan fasilitas/alat tangkap ikan yang digunakan untuk mencapai Zone tersebtu, baik armada kapalnya maupun alat deteksi ikan / alat penginderaan ikan jarak jauh. Disamping itu juga akan segera dibangun Pasar Ikan Higienis dilokasi dekat Pantai.
Peluang Investasi yang ada yaitu :
Pembangunan TPI terpadu di Jetis dengan nilai investasi 125 Milyar dengan sistem BOT (telah terhitung Fs nya) karena Pelabuhan yang ada belum dapat menampung kapal dengan ukuran 100 GT.
Pendirian docking kapal terutama bagi kapal 100 GT
Usaha armada long line.
PERIKANAN DARAT
Jumlah Nelayan Perairan Umum : 9.000 orang
Potensi Lahan Tambak : 12.000 ha
Potensi Budidaya ikan air tawar : 2.500 ha
Lokasi Budidaya ikan air tawar hampir di seluruh Kecamatan se-Kab. Cilacap.
Pembenihan ikan :
BBI seluas 4,07 ha dgn produksi benih tahun 2003 sebanyak 1.785.000 ekor.
Unit Pembenihan Rakyat (UPR) dgn produksi benih sebanyak 12.750.000 ekor.
Kebutuhan benih per tahun diperkirakan sebanyak 19.900.000 ekor.
Peluang Investasi :
Usaha bandeng sebagai umpan untuk penyediaan kapal-kapal longline karena selama ini umpannya mengambil dari luar daerah.
Usaha tempat pembenihan ikan air tawar, dan payau/hatchery.
BUDIDAYA RUMPUT LAUT
Lahan yang berpotensi untuk dikembangkan budidaya rumput laut seluas 13.050 Ha yang terletak di pantai sebelah utara Pulau Nusakambangan. Peluang investasi : budidaya rumput laut dengan pabrik pengolahannya.
BUDIDAYA IKAN KERAPU
Potensi luas areal yang dapat dikembangkan untuk budidaya ikan kerapu seluas 891 Ha yang terletak disebelah selatan Pulau Nusakambangan dengan menggunakan sistem keramba
